PT Bank Pembangunan Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta (Bank BPD DIY), dahulu bernama Bank Pembangunan Daerah Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta, didirikan pada tanggal 15 Desember 1961, berdasarkan akta notaris No.11 oleh R.M. Soerjanto Partaningrat.Tahun 2013 Bank BPD DIY melakukan perubahan bentuk hukum dari Perusahaan Daerah (PD) menjadi Perseroan Terbatas (PT). Perubahan tersebut tertuang dalam Anggaran Dasar Bank sebagaimana tercantum dalam Akta No. 2 tanggal 5 April 2013 yang dibuat dihadapan notaris Muchammad Agus Hanafi, S.H., notaris di Yogyakarta, yang telah memperoleh pengesahan dari Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia melalui Surat Keputusan No.AHU-0044251.AH.01.09 Tahun 2013 tanggal 14 Mei 2013 dan diumumkan dalam Tambahan Berita Negara Republik Indonesia tanggal 10 September 2013 No.73 tentang perubahan bentuk badan hukum Bank dan modal dasar pertama kali adalah sebesar Rp1.000.000.000.000, terbagi atas 1.000.000 lembar saham, masing-masing dengan nilai nominal Rp1.000.000, yang terbagi atas sebanyak 510.000 lembar saham dimiliki oleh Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta, dan sebanyak 490.000 lembar saham dimiliki oleh Pemerintah Kota dan Pemerintah Kabupaten. Bank BPD DIY telah memperoleh persetujuan prinsip perubahan bentuk hukum dari Bank Indonesia berdasarkan surat No.15/1/GBI/DPIP tanggal 4 September 2013.
Tahun 2017 Bank BPD DIY merubah anggaran dasar khususnya bagian permodalan sebagaimana tercantum dalam Akta Berita Acara Rapat Umum Pemegang Saham Tahunan No.41 tanggal 21 April 2017 yang dibuat dihadapan notaris Anom Junprahadi, S.H., mengenai perubahan modal dasar. Modal dasar Bank BPD DIY dari semula sebesar Rp1.000.000.000.000 menjadi sebesar Rp4.000.000.000.000 yang terbagi atas 4.000.000 lembar saham, masing-masing bernilai nominal Rp1.000.000 yang terbagi atas sebanyak 2.040.000 lembar saham dimiliki oleh Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta dan sebanyak 1.960.000 lembar saham dimiliki oleh Pemerintah Kabupaten dan Pemerintah Kota. Akta tersebut telah memperoleh pengesahan dari Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia melalui Surat Keputusan No.AHU-0009719.AH.01.02 Tahun 2017 tanggal 28 April 2017 dan diumumkan dalam Tambahan Berita Negara Republik Indonesia No.65 tanggal 15 Agustus 2017. Perubahan Anggaran Dasar tersebut telah mendapat persetujuan dari Otoritas Jasa Keuangan dengan Surat No. SR-263/KO.031/2017 tanggal 26 Mei 2017.